Kurz gesagt
Ja. Der KTEL-Bus (nicht der Stadtbus) verbindet den Flughafen in 25-30 Min. für ~2,50 € mit dem Bahnhof Kydonias, etwa alle 30-60 Min., abgestimmt auf die Flugankünfte. Der Bahnhof ist 10 Min. zu Fuß von der Altstadt entfernt. Es gibt auch Direktverbindungen nach Souda und Rethymno.